Program Studi Magister Kimia (PSMKIM) didirikan pada tahun 2013 berdasarkan izin dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dengan SK Kepmendikbud No.97/E/O/2013 Tanggal 12 April 2013. PSMKIM mulai menerima mahasiswa baru pada semester ganjil tahun ajaran 2013/2014. Pada awal pendiriannya PSMKIM berada di bawah Program Pascasarjana Universitas Syiah Kuala. Sejak tahun 2018 PSMKIM berada di bawah Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Syiah Kuala. PSMKIM beralamat di Jln. Syech Abdurrauf No. 3, Kopelma Darussalam Gedung B, FMIPA Universitas Syiah kuala (USK). Saat ini PSMKIM terakreditasi Unggul berdasarkan Surat Keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri Sains Alam dan Ilmu Formal (LAMSAMA) dengan SK Nomor 061/SK/LAMSAMA/Akred/M/XII/2022 Tanggal 21 Desember 2022.

PSMKIM merupakan satu-satunya lembaga Program Studi Magister Kimia di Provinsi Aceh yang berbasis pendalaman dan pengembangan ilmu kimia. Bidang-bidang kajian yang ditawarkan pada PSMKIM mampu menghasilkan lulusan yang berkualitas dan memiliki integritas, daya inovatif untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi, dan jiwa entrepreneurship, serta standar intelektual dan akademik yang tinggi yang tercermin dari pengetahuan dan keterampilan kimia yang kuat. Bidang kajian yang ditawarkan di PSMKIM dikelompokkan atas bidang kajian non hayati yang mencakup bidang Kimia Fisika, Kimia Anorganik, Kimia Analitik dan bidang kajian hayati yang mencakup bidang Kimia Organik dan Biokimia.